查尔斯顿大学是一所独立的综合性大学，于1888年由美国卫理公会教派南部圣公会始建于西维吉尼亚州巴伯斯维尔乡村地区，当时叫巴伯斯维尔神学院（Barboursville Seminary）。1901年，学校为表达对捐赠者的莫大敬意特更名为莫里斯哈维大学。1935年，  学校应查尔斯顿商界的要求迁往州府查尔斯顿市。 因卫理公会南部与北部教派的合并，学校脱离了宗教命名并于1942年取得独立。自1935年至1960年，学校分别与卡纳华专科学校和梅森美术音乐学院进行了部分合并。为体现学校与当地社区的紧密联系以及认可其专业的多样性，查尔斯顿大学理事会于1978年12月13日将学校改为现名查尔斯顿大学。